Las mayores críticas a la filosofía tomista fueron formuladas por Juan Duns Escoto y Guillermo de
Ockham. Duns Escoto desarrolló un sutil y muy técnico sistema de lógica y metafísica, pero debido
al fanatismo de sus seguidores, el nombre de Duns se convirtió más tarde en símbolo de estupidez
en la palabra inglesa dunce (burro). Escoto rechazó el intento de santo
Tomás de Aquino para
reconciliar la filosofía racional con la religión revelada. Mantuvo, en una versión modificada de la
llamada doctrina de la doble verdad de Averroes, que todas las creencias religiosas son asuntos de
fe, excepto la creencia en la existencia de Dios, que consideraba demostrable desde supuestos
lógicos. En contra de la idea de Aquino según la cual Dios actúa de acuerdo con su naturaleza
racional, Escoto afirmó que la voluntad divina es anterior al propio intelecto divino y crea (en vez de
amoldarse a ellas) las leyes de la naturaleza y la moral (voluntarismo), lo que implicaba una noción
del libre albedrío más amplia que la de santo Tomás. Al abordar el problema de los universales,
Duns Escoto planteó un nuevo compromiso entre realismo y nominalismo al explicar la diferencia
entre los objetos individuales y las formas que esos objetos ejemplifican (individuación) como una
distinción lógica en vez de real.
El franciscano inglés Guillermo de Ockham formuló la crítica de carácter más radical y nominalista
de la creencia escolástica en el campo de lo intangible, cosas invisibles como las ideas, esencias y
universales. Mantuvo que tales entidades abstractas sólo son referencias terminológicas que
designan a su vez otras palabras en lugar de ser útiles para referirse a cosas reales. Su famosa
regla, conocida como “la navaja de Ockham” (que afirma que no se debe suponer la existencia de
más cosas de las que son necesarias según imperativos lógicos), se convirtió en un principio
fundamental de la ciencia y filosofía modernas.
En los siglos XV y XVI el renacer del interés científico por la naturaleza se vio acompañado por la
tendencia hacia el misticismo panteísta.
El prelado católico romano Nicolás de Cusa anticipó la
obra del astrónomo polaco Nicolás Copérnico al sugerir que la Tierra se mueve alrededor del Sol,
desplazando así a la humanidad del centro del Universo, al que concibió como infinito e idéntico a
Dios. El filósofo italiano Giordano Bruno, que también identificó el Universo con Dios, desarrolló las
implicaciones filosóficas de la teoría copernicana. La filosofía de Bruno influyó en corrientes
intelectuales posteriores que llevaron al nacimiento de la ciencia moderna y a la Reforma.
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